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3929
>All values represent delta G in units of deka cal/mol (kcal/mol*100)
>Stacking 5' X1 Y1 3'
> 3' X2 Y2 5'
>X1X2 = AU CG GC UA GU UG (row headings)
>Y1Y2 = AU CG GC UA GU UG (column headings)
-90 -220 -210 -110 -60 -140
-210 -330 -240 -210 -140 -210
-240 -340 -330 -220 -150 -250
-130 -240 -210 -90 -100 -130
-130 -250 -210 -140 -50 130
-100 -150 -140 -60 30 -50
>Hairpin Loop Energies: size = 1,2,3,..,30
0 0 570 560 560 540 590 560 640 650 660 670 680 690 690 700 710 710 720 720 730 730 740 740 750 750 750 760 760 770
>Bulge loop Energies: size = 1,2,3,..,30
380 280 320 360 400 440 460 470 480 490 500 510 520 530 540 540 550 550 560 570 570 580 580 580 590 590 600 600 600 610
>Interior Loop Energies: size = 1,2,3,..,30
0 0 0 170 180 200 220 230 240 250 260 270 280 290 300 300 310 310 320 330 330 340 340 340 350 350 360 360 360 370
>NINIO asymmetry Terms: m1, m2, m3, m4, max
>Energy = MAX[ max, asymmetry*m#] where # = MIN(4,L1,L2)
>and L1, L2 are lengths of each side of loop,
>and asymmetry = |L1-L2|
50 50 50 50 300
>Triloops 5' .. 3' (Not listed equals 0 bonus)
AAAAU 0
>Tetraloops 5' .. 3' (Not listed equals 0 bonus)
AGAAAU -200
AGCAAU -150
AGUAAU -150
AGUGAU -150
CGAAAG -300
CGAAGG -250
CGAGAG -200
CGCAAG -300
CGCGAG -250
CGGAAG -300
CGGGAG -150
CGUAAG -200
CGUGAG -300
CUAACG -200
CUACGG -250
CUUCGG -300
GGAAAC -300
GGAAGC -150
GGAGAC -300
GGCAAC -250
GGCGAC -150
GGGAAC -150
GGGAGC -150
GGGGAC -300
GGUGAC -300
GUGAAC -150
UGAAAA -150
UGAAAG -200
UGAGAG -250
UGGAAA -150
>Mismatch HP:
>Columns 5'-AU,CG,GC,UA,GU,UG-3'
>rows 5'-AA,AC,AG,AU,CA,..,UU-3'
-30 -150 -110 -50 20 -50
-50 -150 -150 -30 -50 -30
-30 -140 -130 -60 -30 -60
-30 -180 -210 -50 -30 -50
-10 -100 -110 -20 -10 -20
-20 -90 -70 -10 -20 -10
-150 -290 -240 -120 -150 -170
-20 -80 -50 0 -20 0
-110 -220 -240 -140 -90 -80
-120 -200 -290 -120 -110 -120
-20 -160 -140 -70 -30 -30
20 -110 -120 -20 0 -70
-30 -170 -190 -30 -30 -60
-30 -140 -100 -10 -30 -10
-60 -180 -220 -50 -40 -60
-110 -200 -150 -80 -110 -80
>Mismatch Interior:
>Columns 5'-AU,CG,GC,UA,GU,UG-3'
>rows 5'-AA,AC,AG,AU,CA,..,UU-3'
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
-40 -110 -110 -40 -40 -40
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
-40 -110 -110 -40 -40 -40
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
70 0 0 70 70 70
0 -70 -70 0 0 0
>Dangle Energies: 5' X1 Y 3'
> 3' X2 . 5'
>Columns: Y = A, C, G, U
>Rows = X1X2 = AU,CG,GC,UA,GU,UG
-80 -50 -80 -60
-170 -80 -170 -120
-110 -40 -130 -60
-70 -10 -70 -10
-80 -50 -80 -60
-70 -10 -70 -10
>Dangle Energies: 5' X1 . 3'
> 3' X2 Y 5'
>Columns: Y = A, C, G, U
>Rows = X1X2 = AU,CG,GC,UA,GU,UG
-30 -10 -20 -20
-20 -30 0 0
-50 -30 -20 -10
-30 -30 -40 -20
-30 -10 -20 -20
-30 -30 -40 -20
>Multiloop terms: ALPHA_1, ALPHA_2, ALPHA_3
>ML penalty = ALPHA_1 + s * ALPHA_2 + u *ALPHA_3
>s = # stems adjacent to ML, u = unpaired bases in ML
340 40 0
>AT_PENALTY:
>Penalty for non GC pairs that terminate a helix
50
>Interior Loops 1x1
>CG..AU = 5'- C X A 3'
> 3'- G Y U 5'
>Rows: X = A C G U (X constant for a row)
>Columns: Y = A C G U (Y constant in column)
AU..AU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 150
AU..CG
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 100
AU..GC
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
AU..UA
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 120
AU..GU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
AU..UG
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
CG..AU
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
CG..CG
40 -40 40 40
30 50 40 50
-10 40 -170 40
40 0 40 -30
CG..GC
110 40 40 40
40 40 40 40
40 40 -140 40
40 40 40 40
CG..UA
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
CG..GU
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
CG..UG
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
GC..AU
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
GC..CG
80 40 40 40
40 40 40 40
40 40 -210 40
40 40 40 -70
GC..GC
40 30 -10 40
-40 50 40 0
40 40 -170 40
40 50 40 -30
GC..UA
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 100
GC..GU
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
GC..UG
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
UA..AU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 180
UA..CG
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
UA..GC
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
UA..UA
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 150
UA..GU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
UA..UG
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
GU..AU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
GU..CG
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
GU..GC
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
GU..UA
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
GU..GU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
GU..UG
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
UG..AU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
UG..CG
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
UG..GC
110 110 110 110
110 110 110 110
110 110 -100 110
110 110 110 110
UG..UA
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
UG..GU
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
UG..UG
170 170 170 170
170 170 170 170
170 170 -40 170
170 170 170 170
>Interior Loops 2x2
>CG.AG..AU = 5'- C A G A -3'
> 3'- G Y X U -5'
>Rows: X = A C G U (X constant for a row)
>Columns: Y = A C G U (Y constant in column)
AU.AA..AU
280 260 150 200
230 220 110 200
170 160 50 200
200 200 200 200
AU.AC..AU
280 260 150 200
340 260 250 200
200 200 200 200
340 260 250 200
AU.AG..AU
170 160 50 200
200 200 200 200
210 200 90 200
100 -20 50 200
AU.AU..AU
200 200 200 200
310 230 220 200
220 110 180 200
290 180 250 200
AU.CA..AU
250 310 200 310
210 200 200 200
150 240 200 240
200 200 200 200
AU.CC..AU
250 250 200 250
250 250 200 250
200 200 200 200
250 250 200 250
AU.CG..AU
150 240 200 240
200 200 200 200
190 240 200 240
-30 70 200 70
AU.CU..AU
200 200 200 200
220 220 200 220
100 190 200 190
170 160 200 160
AU.GA..AU
150 200 210 230
110 200 160 90
50 200 100 210
200 200 200 200
AU.GC..AU
150 200 210 130
250 200 270 230
200 200 200 200
250 200 270 230
AU.GG..AU
50 200 100 210
200 200 200 200
90 200 140 170
50 200 30 -150
AU.GU..AU
200 200 200 200
220 200 240 200
180 200 150 -20
250 200 220 230
AU.UA..AU
200 310 130 270
200 200 -10 120
200 240 110 240
200 200 200 200
AU.UC..AU
200 250 30 170
200 250 130 170
200 200 200 200
200 250 130 170
AU.UG..AU
200 240 110 240
200 200 200 200
200 240 70 200
200 70 -250 70
AU.UU..AU
200 200 200 200
200 220 100 140
200 190 -120 190
200 160 130 80
AU.AA..CG
210 200 90 200
190 170 60 200
10 0 -110 200
200 200 200 200
AU.AC..CG
180 170 60 200
250 170 160 200
200 200 200 200
150 70 70 200
AU.AG..CG
70 60 -50 200
200 200 200 200
180 160 50 200
0 -120 -50 200
AU.AU..CG
200 200 200 200
250 180 170 200
40 -80 -10 200
210 100 170 200
AU.CA..CG
190 240 200 240
160 160 200 160
-10 80 200 80
200 200 200 200
AU.CC..CG
160 150 200 150
160 160 200 160
200 200 200 200
60 60 200 60
AU.CG..CG
50 140 200 140
200 200 200 200
150 210 200 210
-130 -30 200 -30
AU.CU..CG
200 200 200 200
170 160 200 160
-90 10 200 10
90 80 200 80
AU.GA..CG
90 200 140 170
60 200 120 40
-110 200 -60 50
200 200 200 200
AU.GC..CG
60 200 110 40
160 200 180 140
200 200 200 200
70 200 80 50
AU.GG..CG
-50 200 0 110
200 200 200 200
50 200 110 130
-50 200 -70 -250
AU.GU..CG
200 200 200 200
170 200 180 150
-10 200 -30 -210
170 200 140 150
AU.UA..CG
200 240 70 200
200 160 -50 80
200 80 -50 80
200 200 200 200
AU.UC..CG
200 150 -60 70
200 160 50 80
200 200 200 200
200 60 -50 -20
AU.UG..CG
200 140 10 150
200 200 200 200
200 210 40 170
200 -30 -350 -30
AU.UU..CG
200 200 200 200
200 160 50 80
200 10 -310 10
200 80 50 0
AU.AA..GC
200 190 80 200
190 180 70 200
100 90 -20 200
200 200 200 200
AU.AC..GC
240 220 110 200
280 210 200 200
200 200 200 200
270 190 180 200
AU.AG..GC
100 90 -20 200
200 200 200 200
180 160 50 200
30 -80 -10 200
AU.AU..GC
200 200 200 200
270 190 180 200
180 70 140 200
220 100 180 200
AU.CA..GC
180 230 200 230
170 160 200 160
80 170 200 170
200 200 200 200
AU.CC..GC
210 210 200 210
200 190 200 190
200 200 200 200
180 180 200 180
AU.CG..GC
80 170 200 170
200 200 200 200
150 210 200 210
-90 0 200 0
AU.CU..GC
200 200 200 200
180 180 200 180
60 150 200 150
90 90 200 90
AU.GA..GC
80 200 130 160
70 200 120 50
-20 200 30 140
200 200 200 200
AU.GC..GC
110 200 170 90
200 200 210 180
200 200 200 200
180 200 200 160
AU.GG..GC
-20 200 30 140
200 200 200 200
50 200 110 130
-10 200 -40 -210
AU.GU..GC
200 200 200 200
180 200 200 160
140 200 110 -60
180 200 150 160
AU.UA..GC
200 230 60 190
200 160 -50 80
200 170 40 180
200 200 200 200
AU.UC..GC
200 210 0 130
200 190 80 110
200 200 200 200
200 180 70 100
AU.UG..GC
200 170 40 180
200 200 200 200
200 210 40 170
200 0 -310 0
AU.UU..GC
200 200 200 200
200 180 70 100
200 150 -160 160
200 90 60 10
AU.AA..UA
280 260 150 200
250 240 130 200
150 140 30 200
200 200 200 200
AU.AC..UA
260 250 140 200
310 230 220 200
200 200 200 200
310 230 220 200
AU.AG..UA
150 140 30 200
200 200 200 200
210 190 80 200
130 20 90 200
AU.AU..UA
200 200 200 200
310 230 220 200
230 120 190 200
270 150 220 200
AU.CA..UA
250 310 200 310
230 220 200 220
130 220 200 220
200 200 200 200
AU.CC..UA
240 230 200 230
220 220 200 220
200 200 200 200
220 220 200 220
AU.CG..UA
130 220 200 220
200 200 200 200
180 240 200 240
10 100 200 100
AU.CU..UA
200 200 200 200
220 220 200 220
110 200 200 200
140 140 200 140
AU.GA..UA
150 200 210 230
130 200 180 110
30 200 80 190
200 200 200 200
AU.GC..UA
140 200 190 120
220 200 240 200
200 200 200 200
220 200 240 200
AU.GG..UA
30 200 80 190
200 200 200 200
80 200 140 160
90 200 70 -110
AU.GU..UA
200 200 200 200
220 200 240 200
190 200 160 -10
220 200 200 200
AU.UA..UA
200 310 130 270
200 220 10 140
200 220 90 220
200 200 200 200
AU.UC..UA
200 230 20 150
200 220 100 140
200 200 200 200
200 220 100 140
AU.UG..UA
200 220 90 220
200 200 200 200
200 240 70 200
200 100 -210 110
AU.UU..UA
200 200 200 200
200 220 100 140
200 200 -110 200
200 140 110 60
AU.AA..GU
280 260 150 200
230 220 110 200
170 160 50 200
200 200 200 200
AU.AC..GU
280 260 150 200
340 260 250 200
200 200 200 200
340 260 250 200
AU.AG..GU
170 160 50 200
200 200 200 200
210 200 90 200
100 -20 50 200
AU.AU..GU
200 200 200 200
310 230 220 200
220 110 180 200
290 180 250 200
AU.CA..GU
250 310 200 310
210 200 200 200
150 240 200 240
200 200 200 200
AU.CC..GU
250 250 200 250
250 250 200 250
200 200 200 200
250 250 200 250
AU.CG..GU
150 240 200 240
200 200 200 200
190 240 200 240
-30 70 200 70
AU.CU..GU
200 200 200 200
220 220 200 220
100 190 200 190
170 160 200 160
AU.GA..GU
150 200 210 230
110 200 160 90
50 200 100 210
200 200 200 200
AU.GC..GU
150 200 210 130
250 200 270 230
200 200 200 200
250 200 270 230
AU.GG..GU
50 200 100 210
200 200 200 200
90 200 140 170
50 200 30 -150
AU.GU..GU
200 200 200 200
220 200 240 200
180 200 150 -20
250 200 220 230
AU.UA..GU
200 310 130 270
200 200 -10 120
200 240 110 240
200 200 200 200
AU.UC..GU
200 250 30 170
200 250 130 170
200 200 200 200
200 250 130 170
AU.UG..GU
200 240 110 240
200 200 200 200
200 240 70 200
200 70 -250 70
AU.UU..GU
200 200 200 200
200 220 100 140
200 190 -120 190
200 160 130 80
AU.AA..UG
280 260 150 200
250 240 130 200
150 140 30 200
200 200 200 200
AU.AC..UG
260 250 140 200
310 230 220 200
200 200 200 200
310 230 220 200
AU.AG..UG
150 140 30 200
200 200 200 200
210 190 80 200
130 20 90 200
AU.AU..UG
200 200 200 200
310 230 220 200
230 120 190 200
270 150 220 200
AU.CA..UG
250 310 200 310
230 220 200 220
130 220 200 220
200 200 200 200
AU.CC..UG
240 230 200 230
220 220 200 220
200 200 200 200
220 220 200 220
AU.CG..UG
130 220 200 220
200 200 200 200
180 240 200 240
10 100 200 100
AU.CU..UG
200 200 200 200
220 220 200 220
110 200 200 200
140 140 200 140
AU.GA..UG
150 200 210 230
130 200 180 110
30 200 80 190
200 200 200 200
AU.GC..UG
140 200 190 120
220 200 240 200
200 200 200 200
220 200 240 200
AU.GG..UG
30 200 80 190
200 200 200 200
80 200 140 160
90 200 70 -110
AU.GU..UG
200 200 200 200
220 200 240 200
190 200 160 -10
220 200 200 200
AU.UA..UG
200 310 130 270
200 220 10 140
200 220 90 220
200 200 200 200
AU.UC..UG
200 230 20 150
200 220 100 140
200 200 200 200
200 220 100 140
AU.UG..UG
200 220 90 220
200 200 200 200
200 240 70 200
200 100 -210 110
AU.UU..UG
200 200 200 200
200 220 100 140
200 200 -110 200
200 140 110 60
CG.AA..AU
200 240 100 200
160 190 60 200
100 130 0 200
200 200 200 200
CG.AC..AU
200 240 100 200
260 240 200 200
200 200 200 200
260 240 200 200
CG.AG..AU
100 130 0 200
200 200 200 200
140 170 40 200
20 -40 0 200
CG.AU..AU
200 200 200 200
230 210 170 200
150 80 130 200
220 150 200 200
CG.CA..AU
190 280 200 270
150 180 200 160
90 220 200 200
200 200 200 200
CG.CC..AU
190 220 200 210
190 220 200 210
200 200 200 200
190 220 200 210
CG.CG..AU
90 220 200 200
200 200 200 200
130 220 200 200
-90 40 200 30
CG.CU..AU
200 200 200 200
160 190 200 180
40 170 200 150
110 140 200 120
CG.GA..AU
100 200 180 180
60 200 130 40
0 200 70 160
200 200 200 200
CG.GC..AU
100 200 180 80
200 200 240 180
200 200 200 200
200 200 240 180
CG.GG..AU
0 200 70 160
200 200 200 200
40 200 110 120
0 200 0 -200
CG.GU..AU
200 200 200 200
170 200 210 150
130 200 120 -70
200 200 190 180
CG.UA..AU
200 270 30 220
200 160 -110 70
200 200 10 190
200 200 200 200
CG.UC..AU
200 210 -70 120
200 210 30 120
200 200 200 200
200 210 30 120
CG.UG..AU
200 200 10 190
200 200 200 200
200 200 -30 150
200 30 -350 20
CG.UU..AU
200 200 200 200
200 180 0 90
200 150 -220 150
200 120 30 30
CG.AA..CG
50 60 0 200
110 150 -70 200
-30 10 -160 200
200 200 200 200
CG.AC..CG
110 110 -100 200
170 150 -60 200
200 200 200 200
70 50 20 200
CG.AG..CG
40 50 -70 200
200 200 200 200
100 140 0 200
10 -70 -80 200
CG.AU..CG
200 200 200 200
180 150 120 200
-50 -60 -60 200
150 0 90 200
CG.CA..CG
130 220 200 200
100 130 200 120
-70 70 200 40
200 200 200 200
CG.CC..CG
100 190 200 110
100 130 200 120
200 200 200 200
0 30 200 170
CG.CG..CG
70 70 200 100
200 200 200 200
90 180 200 170
-190 -30 200 -70
CG.CU..CG
200 200 200 200
110 140 200 120
-150 -20 200 -30
-20 -10 200 20
CG.GA..CG
-20 200 110 90
-40 200 90 0
-170 200 -90 30
200 200 200 200
CG.GC..CG
70 200 80 -10
110 200 150 100
200 200 200 200
20 200 50 0
CG.GG..CG
-50 200 -20 60
200 200 200 200
0 200 80 90
-90 200 -100 -300
CG.GU..CG
200 200 200 200
120 200 150 100
-130 200 -60 -240
90 200 110 60
CG.UA..CG
200 200 -10 140
200 120 -160 30
200 40 -160 50
200 200 200 200
CG.UC..CG
200 110 -160 30
200 120 -60 30
200 200 200 200
200 20 -160 10
CG.UG..CG
200 50 -60 140
200 200 200 200
200 170 -70 120
200 -70 -440 -100
CG.UU..CG
200 200 200 200
200 120 -50 30
200 -10 -410 10
200 40 -100 60
CG.AA..GC
130 160 30 200
120 150 20 200
30 60 -70 200
200 200 200 200
CG.AC..GC
160 200 60 200
210 180 150 200
200 200 200 200
190 170 130 200
CG.AG..GC
30 60 -70 200
200 200 200 200
100 140 0 200
-40 -110 -60 200
CG.AU..GC
200 200 200 200
190 170 130 200
110 40 90 200
140 80 130 200
CG.CA..GC
120 210 200 190
110 140 200 120
20 150 200 130
200 200 200 200
CG.CC..GC
150 180 200 170
140 170 200 150
200 200 200 200
120 150 200 140
CG.CG..GC
20 150 200 130
200 200 200 200
90 180 200 170
-150 -20 200 -40
CG.CU..GC
200 200 200 200
120 150 200 140
0 130 200 110
30 60 200 50
CG.GA..GC
30 200 100 110
20 200 90 0
-70 200 0 90
200 200 200 200
CG.GC..GC
60 200 140 40
150 200 180 130
200 200 200 200
130 200 170 110
CG.GG..GC
-70 200 0 90
200 200 200 200
0 200 80 90
-60 200 -70 -260
CG.GU..GC
200 200 200 200
130 200 170 110
90 200 90 -110
130 200 120 110
CG.UA..GC
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200 130 -60 130
200 200 200 200
CG.UC..GC
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200 150 -20 60
200 200 200 200
200 140 -40 50
CG.UG..GC
200 130 -60 130
200 200 200 200
200 170 -70 120
200 -40 -420 -50
CG.UU..GC
200 200 200 200
200 140 -40 50
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200 50 -50 -40
CG.AA..UA
200 240 100 200
180 210 80 200
80 110 -20 200
200 200 200 200
CG.AC..UA
190 220 90 200
230 210 170 200
200 200 200 200
230 210 170 200
CG.AG..UA
80 110 -20 200
200 200 200 200
130 170 30 200
60 0 40 200
CG.AU..UA
200 200 200 200
230 210 170 200
160 90 140 200
190 130 180 200
CG.CA..UA
190 280 200 270
170 200 200 180
70 200 200 180
200 200 200 200
CG.CC..UA
180 210 200 190
160 190 200 180
200 200 200 200
160 190 200 180
CG.CG..UA
70 200 200 180
200 200 200 200
120 210 200 200
-50 80 200 70
CG.CU..UA
200 200 200 200
160 190 200 180
50 180 200 160
80 110 200 100
CG.GA..UA
100 200 180 180
80 200 150 60
-20 200 50 140
200 200 200 200
CG.GC..UA
90 200 160 70
170 200 210 150
200 200 200 200
170 200 210 150
CG.GG..UA
-20 200 50 140
200 200 200 200
30 200 110 110
40 200 40 -160
CG.GU..UA
200 200 200 200
170 200 210 150
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CG.UA..UA
200 270 30 220
200 180 -90 90
200 180 -10 180
200 200 200 200
CG.UC..UA
200 190 -80 100
200 180 0 90
200 200 200 200
200 180 0 90
CG.UG..UA
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200 200 200 200
200 200 -40 150
200 70 -310 60
CG.UU..UA
200 200 200 200
200 180 0 90
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200 100 0 10
CG.AA..GU
200 240 100 200
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200 200 200 200
CG.AC..GU
200 240 100 200
260 240 200 200
200 200 200 200
260 240 200 200
CG.AG..GU
100 130 0 200
200 200 200 200
140 170 40 200
20 -40 0 200
CG.AU..GU
200 200 200 200
230 210 170 200
150 80 130 200
220 150 200 200
CG.CA..GU
190 280 200 270
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90 220 200 200
200 200 200 200
CG.CC..GU
190 220 200 210
190 220 200 210
200 200 200 200
190 220 200 210
CG.CG..GU
90 220 200 200
200 200 200 200
130 220 200 200
-90 40 200 30
CG.CU..GU
200 200 200 200
160 190 200 180
40 170 200 150
110 140 200 120
CG.GA..GU
100 200 180 180
60 200 130 40
0 200 70 160
200 200 200 200
CG.GC..GU
100 200 180 80
200 200 240 180
200 200 200 200
200 200 240 180
CG.GG..GU
0 200 70 160
200 200 200 200
40 200 110 120
0 200 0 -200
CG.GU..GU
200 200 200 200
170 200 210 150
130 200 120 -70
200 200 190 180
CG.UA..GU
200 270 30 220
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200 200 10 190
200 200 200 200
CG.UC..GU
200 210 -70 120
200 210 30 120
200 200 200 200
200 210 30 120
CG.UG..GU
200 200 10 190
200 200 200 200
200 200 -30 150
200 30 -350 20
CG.UU..GU
200 200 200 200
200 180 0 90
200 150 -220 150
200 120 30 30
CG.AA..UG
200 240 100 200
180 210 80 200
80 110 -20 200
200 200 200 200
CG.AC..UG
190 220 90 200
230 210 170 200
200 200 200 200
230 210 170 200
CG.AG..UG
80 110 -20 200
200 200 200 200
130 170 30 200
60 0 40 200
CG.AU..UG
200 200 200 200
230 210 170 200
160 90 140 200
190 130 180 200
CG.CA..UG
190 280 200 270
170 200 200 180
70 200 200 180
200 200 200 200
CG.CC..UG
180 210 200 190
160 190 200 180
200 200 200 200
160 190 200 180
CG.CG..UG
70 200 200 180
200 200 200 200
120 210 200 200
-50 80 200 70
CG.CU..UG
200 200 200 200
160 190 200 180
50 180 200 160
80 110 200 100
CG.GA..UG
100 200 180 180
80 200 150 60
-20 200 50 140
200 200 200 200
CG.GC..UG
90 200 160 70
170 200 210 150
200 200 200 200
170 200 210 150
CG.GG..UG
-20 200 50 140
200 200 200 200
30 200 110 110
40 200 40 -160
CG.GU..UG
200 200 200 200
170 200 210 150
140 200 130 -60
180 200 170 160
CG.UA..UG
200 270 30 220
200 180 -90 90
200 180 -10 180
200 200 200 200
CG.UC..UG
200 190 -80 100
200 180 0 90
200 200 200 200
200 180 0 90
CG.UG..UG
200 180 -10 180
200 200 200 200
200 200 -40 150
200 70 -310 60
CG.UU..UG
200 200 200 200
200 180 0 90
200 160 -210 160
200 100 0 10
GC.AA..AU
210 180 70 200
170 140 30 200
110 80 -30 200
200 200 200 200
GC.AC..AU
210 180 70 200
270 180 170 200
200 200 200 200
270 180 170 200
GC.AG..AU
110 80 -30 200
200 200 200 200
150 120 10 200
30 -100 -30 200
GC.AU..AU
200 200 200 200
240 150 140 200
160 30 100 200
230 100 170 200
GC.CA..AU
190 250 200 250
140 140 200 150
80 180 200 190
200 200 200 200
GC.CC..AU
190 190 200 190
190 190 200 190
200 200 200 200
190 190 200 190
GC.CG..AU
80 180 200 190
200 200 200 200
120 180 200 190
-90 10 200 10
GC.CU..AU
200 200 200 200
160 160 200 160
30 130 200 140
100 100 200 110
GC.GA..AU
10 200 180 40
-30 200 130 -110
-90 200 70 10
200 200 200 200
GC.GC..AU
10 200 180 -60
110 200 240 40
200 200 200 200
110 200 240 40
GC.GG..AU
-90 200 70 10
200 200 200 200
-50 200 110 -30
-90 200 0 -350
GC.GU..AU
200 200 200 200
80 200 210 10
40 200 120 -220
110 200 190 30
GC.UA..AU
200 150 0 210
200 40 -150 70
200 90 -30 190
200 200 200 200
GC.UC..AU
200 90 -100 110
200 90 0 110
200 200 200 200
200 90 0 110
GC.UG..AU
200 90 -30 190
200 200 200 200
200 80 -70 150
200 -90 -390 10
GC.UU..AU
200 200 200 200
200 60 -30 80
200 40 -260 140
200 0 -10 30
GC.AA..CG
150 120 10 200
120 90 -10 200
-50 -80 -190 200
200 200 200 200
GC.AC..CG
120 90 -20 200
180 90 90 200
200 200 200 200
80 0 -10 200
GC.AG..CG
10 -20 -130 200
200 200 200 200
110 80 -20 200
-70 -200 -130 200
GC.AU..CG
200 200 200 200
190 100 90 200
-30 -160 -90 200
150 20 90 200
GC.CA..CG
120 180 200 190
100 100 200 100
-80 20 200 30
200 200 200 200
GC.CC..CG
90 90 200 100
100 100 200 100
200 200 200 200
0 0 200 0
GC.CG..CG
-10 90 200 90
200 200 200 200
90 150 200 150
-190 -90 200 -90
GC.CU..CG
200 200 200 200
100 100 200 110
-150 -50 200 -50
20 20 200 30
GC.GA..CG
-50 200 110 -30
-80 200 90 -150
-260 200 -90 -150
200 200 200 200
GC.GC..CG
-80 200 80 -160
20 200 150 -50
200 200 200 200
-80 200 50 -150
GC.GG..CG
-190 200 -20 -90
200 200 200 200
-90 200 80 -60
-190 200 -100 -450
GC.GU..CG
200 200 200 200
30 200 150 -50
-150 200 -60 -410
30 200 110 -50
GC.UA..CG
200 80 -70 150
200 0 -190 20
200 -80 -190 30
200 200 200 200
GC.UC..CG
200 0 -200 20
200 0 -90 20
200 200 200 200
200 -100 -190 -70
GC.UG..CG
200 -10 -130 90
200 200 200 200
200 50 -100 110
200 -190 -490 -90
GC.UU..CG
200 200 200 200
200 0 -90 30
200 -150 -450 -50
200 -70 -90 -50
GC.AA..GC
50 110 40 200
130 100 70 200
-20 70 -50 200
200 200 200 200
GC.AC..GC
60 110 50 200
220 190 70 200
200 200 200 200
200 110 50 200
GC.AG..GC
0 -100 -70 200
200 200 200 200
110 80 -20 200
-10 -160 -60 200
GC.AU..GC
200 200 200 200
200 110 100 200
90 -10 60 200
140 30 140 200
GC.CA..GC
110 170 200 180
100 100 200 110
-40 110 200 120
200 200 200 200
GC.CC..GC
150 150 200 150
130 130 200 140
200 200 200 200
120 120 200 120
GC.CG..GC
-70 -60 200 120
200 200 200 200
90 150 200 150
-160 -60 200 -50
GC.CU..GC
200 200 200 200
120 120 200 120
0 100 200 100
30 30 200 30
GC.GA..GC
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-170 200 0 -130
200 200 200 200
GC.GC..GC
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200 200 200 200
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GC.GG..GC
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200 200 200 200
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-160 200 -70 -410
GC.GU..GC
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GC.AC..UA
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200 200 200 200
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200 200 200 200
160 160 200 160
GC.CG..UA
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GC.CC..GU
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UA.CC..AU
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GU.UG..UA
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200 200 200 200
200 240 70 200
200 100 -210 110
GU.UU..UA
200 200 200 200
200 220 100 140
200 200 -110 200
200 140 110 60
GU.AA..GU
280 260 150 200
230 220 110 200
170 160 50 200
200 200 200 200
GU.AC..GU
280 260 150 200
340 260 250 200
200 200 200 200
340 260 250 200
GU.AG..GU
170 160 50 200
200 200 200 200
210 200 90 200
100 -20 50 200
GU.AU..GU
200 200 200 200
310 230 220 200
220 110 180 200
290 180 250 200
GU.CA..GU
250 310 200 310
210 200 200 200
150 240 200 240
200 200 200 200
GU.CC..GU
250 250 200 250
250 250 200 250
200 200 200 200
250 250 200 250
GU.CG..GU
150 240 200 240
200 200 200 200
190 240 200 240
-30 70 200 70
GU.CU..GU
200 200 200 200
220 220 200 220
100 190 200 190
170 160 200 160
GU.GA..GU
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200 200 200 200
GU.GC..GU
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200 200 200 200
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GU.GG..GU
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GU.GU..GU
200 200 200 200
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GU.UA..GU
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200 200 -10 120
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200 200 200 200
GU.UC..GU
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200 200 200 200
200 250 130 170
GU.UG..GU
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200 200 200 200
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200 70 -250 70
GU.UU..GU
200 200 200 200
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GU.AA..UG
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200 200 200 200
GU.AC..UG
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200 200 200 200
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GU.AG..UG
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200 200 200 200
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GU.AU..UG
200 200 200 200
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GU.CA..UG
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200 200 200 200
GU.CC..UG
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220 220 200 220
200 200 200 200
220 220 200 220
GU.CG..UG
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200 200 200 200
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10 100 200 100
GU.CU..UG
200 200 200 200
220 220 200 220
110 200 200 200
140 140 200 140
GU.GA..UG
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200 200 200 200
GU.GC..UG
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200 200 200 200
220 200 240 200
GU.GG..UG
30 200 80 190
200 200 200 200
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GU.GU..UG
200 200 200 200
220 200 240 200
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220 200 200 200
GU.UA..UG
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200 200 200 200
GU.UC..UG
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200 200 200 200
200 220 100 140
GU.UG..UG
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200 200 200 200
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GU.UU..UG
200 200 200 200
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200 200 -110 200
200 140 110 60
UG.AA..AU
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170 170 70 200
200 200 200 200
UG.AC..AU
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200 200 200 200
340 280 270 200
UG.AG..AU
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200 200 200 200
210 210 110 200
100 0 70 200
UG.AU..AU
200 200 200 200
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220 120 200 200
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UG.CA..AU
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200 200 200 200
UG.CC..AU
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230 280 200 250
200 200 200 200
230 280 200 250
UG.CG..AU
130 270 200 240
200 200 200 200
170 270 200 240
-50 100 200 70
UG.CU..AU
200 200 200 200
200 250 200 220
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UG.GA..AU
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130 200 170 80
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200 200 200 200
UG.GC..AU
170 200 210 120
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200 200 200 200
270 200 270 220
UG.GG..AU
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200 200 200 200
110 200 150 160
70 200 30 -160
UG.GU..AU
200 200 200 200
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270 200 230 220
UG.UA..AU
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200 200 200 200
UG.UC..AU
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200 200 200 200
200 280 100 190
UG.UG..AU
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200 200 200 200
200 270 30 230
200 100 -290 90
UG.UU..AU
200 200 200 200
200 250 70 160
200 220 -160 220
200 190 90 110
UG.AA..CG
210 210 110 200
190 190 80 200
10 10 -90 200
200 200 200 200
UG.AC..CG
180 180 80 200
250 190 180 200
200 200 200 200
150 90 90 200
UG.AG..CG
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200 200 200 200
180 180 70 200
0 -100 -30 200
UG.AU..CG
200 200 200 200
250 190 190 200
40 -60 10 200
210 110 190 200
UG.CA..CG
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140 190 200 160
-30 110 200 80
200 200 200 200
UG.CC..CG
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140 190 200 160
200 200 200 200
40 90 200 60
UG.CG..CG
30 170 200 140
200 200 200 200
130 240 200 210
-150 0 200 -30
UG.CU..CG
200 200 200 200
150 190 200 160
-110 40 200 10
70 110 200 80
UG.GA..CG
110 200 150 160
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-90 200 -50 40
200 200 200 200
UG.GC..CG
80 200 120 30
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200 200 200 200
90 200 80 40
UG.GG..CG
-30 200 10 100
200 200 200 200
70 200 110 120
-30 200 -70 -260
UG.GU..CG
200 200 200 200
190 200 190 140
10 200 -30 -220
190 200 150 140
UG.UA..CG
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200 190 -90 100
200 110 -90 110
200 200 200 200
UG.UC..CG
200 180 -100 100
200 190 10 100
200 200 200 200
200 90 -90 0
UG.UG..CG
200 170 -30 170
200 200 200 200
200 240 0 190
200 0 -390 -10
UG.UU..CG
200 200 200 200
200 190 10 110
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200 110 10 30
UG.AA..GC
200 200 100 200
190 190 90 200
100 100 0 200
200 200 200 200
UG.AC..GC
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200 200 200 200
270 210 200 200
UG.AG..GC
100 100 0 200
200 200 200 200
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30 -70 10 200
UG.AU..GC
200 200 200 200
270 210 200 200
180 80 160 200
220 120 190 200
UG.CA..GC
160 260 200 230
150 190 200 160
60 200 200 170
200 200 200 200
UG.CC..GC
190 240 200 210
180 220 200 190
200 200 200 200
160 210 200 180
UG.CG..GC
60 200 200 170
200 200 200 200
130 240 200 210
-110 30 200 0
UG.CU..GC
200 200 200 200
160 210 200 180
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UG.GA..GC
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0 200 40 130
200 200 200 200
UG.GC..GC
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200 200 200 200
200 200 200 150
UG.GG..GC
0 200 40 130
200 200 200 200
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10 200 -30 -220
UG.GU..GC
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UG.UA..GC
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200 200 0 200
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UG.UC..GC
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UG.UG..GC
200 200 0 200
200 200 200 200
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UG.UU..GC
200 200 200 200
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UG.AA..UA
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UG.AC..UA
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UG.AG..UA
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UG.AU..UA
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UG.CA..UA
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UG.CC..UA
220 260 200 230
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200 200 200 200
200 250 200 220
UG.CG..UA
110 250 200 220
200 200 200 200
160 270 200 240
-10 130 200 100
UG.CU..UA
200 200 200 200
200 250 200 220
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UG.GA..UA
170 200 210 220
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50 200 90 180
200 200 200 200
UG.GC..UA
160 200 200 110
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UG.GG..UA
50 200 90 180
200 200 200 200
100 200 140 150
110 200 70 -120
UG.GU..UA
200 200 200 200
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210 200 170 -20
240 200 200 190
UG.UA..UA
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200 200 200 200
UG.UC..UA
200 260 -20 180
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200 200 200 200
200 250 70 160
UG.UG..UA
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UG.UU..UA
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UG.AA..GU
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UG.AC..GU
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UG.AG..GU
170 170 70 200
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100 0 70 200
UG.AU..GU
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UG.CA..GU
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190 230 200 200
130 270 200 240
200 200 200 200
UG.CC..GU
230 280 200 250
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200 200 200 200
230 280 200 250
UG.CG..GU
130 270 200 240
200 200 200 200
170 270 200 240
-50 100 200 70
UG.CU..GU
200 200 200 200
200 250 200 220
80 220 200 190
150 190 200 160
UG.GA..GU
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>Rows: X = A C G U (X constant for a row)
>Columns: Y = A C G U (Y constant in column)
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550 550 550 550
UA.U..UA
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UA.G..GU
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UA.U..GU
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550 550 550 550
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GU.U..UG
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550 550 550 550
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230 550 370 550
550 550 550 550
UG.U..AU
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UG.C..UG
380 370 550 370
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550 550 550 550
400 340 550 370
UG.G..UG
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550 550 550 550
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550 550 550 550
UG.U..UG
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550 370 550 280
550 550 550 550
550 320 550 270
>POLYC - Penalty for poly C hairpins.
>First number is penalty for polyC triloop
>Second number is "slope", i.e. penalty per C in a non triloop
>Third number is "intercept", i.e. constant penalty for non triloops
140 30 160
>BETA - Pseudoknot energy parameters. B1 B2 B3 B1M B1P
>B1 = Constant penalty for "open" pseudoknot
>B2 = penalty per pair in pseudoknot
>B3 = penalty per base in pseudoknot
>B1M = constant penalty for pseudoknot in a "closed" loop
>B1P = constant penalty for pseudoknot in a pseudoknot.
960 10 10 1500 1500
>BIMOLECULAR //TINOCO, 277
409