merge

@@ -23,5 +23,11 @@ results/*
 log_of_the_run.sh
 logBadDesc.txt
 gurobi.log
-IL*
-HL*
+temp/*
+
+# data 
+data/modules/BGSU/HL/3.2/diagnostic/*
+data/modules/BGSU/HL/3.2/lib/*
+data/modules/BGSU/IL/3.2/diagnostic/*
+data/modules/BGSU/IL/3.2/lib/*
+data/modules/DESC/*.desc
\ No newline at end of file

@@ -2,9 +2,6 @@
 CPLEXDir="/opt/ibm/ILOG/CPLEX_Studio128"
 IEIGEN="/usr/local/include/eigen3"
 INUPACK="/usr/local/include/nupack"
+biorseoDir="/home/persalteas/Software/biorseo"
 jar3dexec="/home/persalteas/Software/jar3dbin/jar3d_2014-12-11.jar"
-ILmotifDir="/home/persalteas/Data/RNA/motifs/Matlab_results/IL/3.2/lib"
-HLmotifDir="/home/persalteas/Data/RNA/motifs/Matlab_results/HL/3.2/lib"
-descfolder="/home/persalteas/Data/RNA/motifs/No_Redondance_DESC/"
 bypdir="/home/persalteas/Software/BayesPairing/bayespairing/src"
-biorseoDir="/home/persalteas/Software/biorseo"

->E.coli_alpha_operon_mRNA
-UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA
-(((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}}
\ No newline at end of file

->E.coli_alpha_operon_mRNA
-UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA

-E.coli_alpha_operon_mRNA
-UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))..((..[[))((.((.((..((.((.((.((]].)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	450.0000000	24.6634106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.196 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2V49.A.72 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZE.A.89 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74	475.0000000	24.6241106
-((.((.((..(((((.((...((........))...)).)).))).)).)).))(((...))).((.((.((..((.((.((.((...)).)))).)).)).)).)). + 1F1T.A.4 + 1FKA.A.92 + 1YIT.0.13 + 2BTE.E.3 + 2OM7.B.1 + 2VHN.B.71 + 3IZ9.A.80 + 3IZF.A.191 + 3O58.1.74 + 3O58.1.74 + 3PYO.A.85	475.0000000	24.6241106
-(((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}}

@@ -8,7 +8,7 @@
 #include <string>
 #include <vector>
 
-using Eigen::MatrixXf, Eigen::Matrix;
+using Eigen::MatrixXf;
 using std::map;
 using std::pair;
 using std::string;