Louis BECQUEY / biorseo

12 Nov, 2021 1 commit
- Update to benchmark.py and visualizer for RINs · acf04330
  acf04330 Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-11-12 11:57:17 +0100
14 Jun, 2021 2 commits
- merged branches · f14f5bce
  f14f5bce Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-14 12:29:00 +0200
- Undone Link renumberings + a few code reformatting · 5edf7097
  5edf7097 Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-14 12:23:20 +0200
12 Jun, 2021 1 commit
- Merge branch 'stage_NBernard' of ssh://forge.ibisc.univ-evry.fr:6622/lbecquey/bi… · 0182a46b ...
  0182a46b Browse Files
```
…orseo into stage_NBernard
Merge pour recuperer les corrections de Louis Becquey
```
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-12 11:58:31 +0200
11 Jun, 2021 11 commits
- Benchmark at IFB · 3a967b60
  3a967b60 Browse Directory
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-11 23:41:48 +0000
- contre-fix numérotation des Link pour les motifs JSON · 63d6588e
  63d6588e Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-12 00:18:27 +0200
- Merge branch 'stage_NBernard' · 6edd235d
  6edd235d Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-12 00:08:20 +0200
- Rewrote constraint 6, Links are now numbered relatively to the sequence · 6ea41ffa
  6ea41ffa Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-12 00:05:14 +0200
- fixed early exit on timeout · 6ce5a425
  6ce5a425 Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-11 22:27:18 +0200
- Fixed CaRNAval modules · 567c8932
  567c8932 Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-11 22:25:14 +0200
- la fonction add_pdb ajoute correctement les pdbs issus de dssr aux motifs · 49ecc89e
  49ecc89e Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-11 12:25:24 +0200
- Changement de dossier avec ajout d'un script pour supprimer les motifs ayant les… · d9f3f80d ...
  d9f3f80d
```
… mêmes pdb que celles du benchmark
```
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-11 10:56:11 +0200
- Merge branch 'stage_NBernard' of ssh://forge.ibisc.univ-evry.fr:6622/lbecquey/bi… · a64cbdb7 ...
  a64cbdb7 Browse Files
```
…orseo into stage_NBernard
```
  Louis BECQUEY authored 2021-06-11 10:26:08 +0200
- Ajout de commentaires · 43afcfa1
  43afcfa1
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-11 09:20:10 +0200
- Code count pattern fonctionnel · 9733c86c
  9733c86c Browse Directory
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-11 09:04:05 +0200
10 Jun, 2021 1 commit
- Amélioration pour faire l'intersection des domaines pfams si il y a inclusion · a15397eb
  a15397eb Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-11 00:58:43 +0200
09 Jun, 2021 1 commit
- filtrer pour garder les motifs ayant au moins 4 nucléotides · 9cd0ac81
  9cd0ac81 Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-09 12:36:28 +0200
08 Jun, 2021 1 commit
- quelques rectifications · 51195132
  51195132 Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-08 17:28:01 +0200
07 Jun, 2021 1 commit
- Practical improvements in benchmark.py · 8490faa0
  8490faa0 Browse File
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-07 20:50:41 +0200
04 Jun, 2021 2 commits
- Correction du bug qui ne permet pas de lier les motifs contenant des composantes… · 00371023 ...
  00371023 Browse File
```
… à seulement 1 nucléotide
```
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-04 19:41:20 +0200
- Ajout des fonctions objectives E et F · 6a49451c
  6a49451c
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-04 12:14:40 +0200
03 Jun, 2021 6 commits
- Ajout dans le constructeur du motif les nombres de nucléotides en contact et le tx des occurrences · 58c56ff6
  58c56ff6 Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-03 17:11:45 +0200
- modification pour prendre en compte l'ajout du champs contacts du fichier json · 1f515b15
  1f515b15 Browse Directory
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-03 10:46:32 +0200
- Merge branch 'master' of ssh://forge.ibisc.univ-evry.fr:6622/lbecquey/biorseo · c0f1e2c8 ...
  c0f1e2c8 Browse Files
```
changes from Nath merged into Louis' repo
```
  Louis BECQUEY authored 2021-06-03 08:50:43 +0200
- Added BayesPairing2 to gitignore · 8a0f122c
  8a0f122c
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-03 08:39:29 +0200
- updated gitignore · 8bd7b310
  8bd7b310 Browse Files
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-03 08:38:31 +0200
- Refreshed benchmark code · b42ae5cd
  b42ae5cd
  
  Louis BECQUEY authored 2021-06-03 08:38:07 +0200
02 Jun, 2021 3 commits
- Correction de la contrainte c3 en enlevant le décalage +2 · 5a5da750
  5a5da750 Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-02 16:03:16 +0200
- Amélioration du count_pattern en utilisant find · 12562124
  12562124 Browse File
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-02 13:29:03 +0200
- Retour à un commit précédent pour corriger un bug · b31798f1
  b31798f1 Browse Directory
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-06-02 08:57:34 +0200
31 May, 2021 5 commits
- légères corrections du bug qui en l'absence de motifs erronés, empêche l'entrée dans une boucle · 108780e2
  108780e2
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-31 12:58:26 +0200
- cont_pattern mis dans un dossier à part · 8893e77f
  8893e77f Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-31 12:22:47 +0200
- count_pattern permet bien de prendre en comtpe les occurrences d'un motif A lors… · 8baa08ed ...
  8baa08ed Browse Files
```
…qu'il est inclus dans un autre motif (en se basant sur les pdbs ou pfams)
```
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-31 12:14:56 +0200
- fonction counting_occurences compte les occurences d'un motif A dans d'autres motifs · e11b6b83
  e11b6b83 Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-31 11:20:50 +0200
- count_pattern peut pour le moment rassembler les pfams en un seul même set par motif · 54b8047a
  54b8047a Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-31 04:19:01 +0200
28 May, 2021 1 commit
- Correction des contraintes C6 qui imposent tous les appariements inclus dans le motif · c2c0287e
  c2c0287e Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-28 06:08:47 +0200
27 May, 2021 2 commits
- Récupération de certaines fonctions sur d'anciens commit · 4b3a97cb
  4b3a97cb Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-27 14:24:15 +0200
- petites rectifications · 48cb7cfd
  48cb7cfd Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-27 09:52:05 +0200
26 May, 2021 2 commits
- Quelques rectifications pour éviter de lire les motifs erronés · 88271389
  88271389 Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-27 00:43:04 +0200
- Finalisation : lecture de tous les motifs d'un json tout en évitant ceux contenant des erreurs · 0005985b
  0005985b Browse Files
  
  Nathalie BERNARD authored 2021-05-26 20:50:48 +0200